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            專職PI

            陳飛 青年研究員
            青年研究員,博士生導師
            E-mail: feixchen@fudan.edu.cn
             

              2009年獲山東大學生命科學學院學士學位,2012年獲復旦大學生物醫學研究院碩士學位,2018年美國西北大學Feinberg醫學院博士學位,2018-2019年在美國紀念斯隆-凱特琳癌癥中心從事博士后研究。2019年12月至今,任職于復旦大學附屬腫瘤醫院和生物醫學研究院青年研究員(雙聘)。上海市特聘教授(2020),上海市千人計劃獲得者(2020)。

              實驗室的研究方向是轉錄和表觀遺傳調控的機制研究,以及他們的失調在疾病尤其是腫瘤發生和轉移中的功能。

              基因表達精密的時空調控,對生命體的形成、發育以及各種生物學功能的維持至關重要。轉錄調控的實現,依賴于轉錄機器對存儲在染色質上的遺傳信息(DNA)和表觀遺傳信息(組蛋白和DNA修飾、染色質高級結構等)的精確解讀。而這種解讀的偏差,不同程度上會導致基因表達的紊亂和疾病(包括癌癥、發育缺陷和神經精神疾病等)的發生。我們將利用癌癥生物學、功能基因組學、生物信息學、生物化學和遺傳學等手段研究轉錄調控的基本機理,轉錄和表觀遺傳失調在腫瘤中的作用,并探索新的分子治療靶標和開發新的靶向治療小分子藥物。實驗室近期研究內容有:

            1)轉錄機器和轉錄調控因子調控轉錄的分子機制。
            2)針對轉錄和表觀遺傳信息的(單細胞和多細胞)測序方法的建立和開發。
            3)基于腫瘤樣本的轉錄組和表觀遺傳信息的高通量測序和生物信息學分析。
            4)轉錄和表觀遺傳調控在致瘤和抑癌信號通路影響癌癥發生和轉移中的功能。
            5)利用高通量篩選和功能基因組學研究手段尋找和研究癌癥發生和轉移調控因子。


            代表性論著:

            1. Chen FX#, Smith ER, Shilatifard A*. Born to run: Control of RNA polymerase II transcription elongation. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2018 Jul; 19(7):464-478.

            2. Chen FX#, Xie P, Collings CK, Cao K, Marshall SA, Rendleman EJ, Ugarenko M, Zhang A, Shiekhattar R, Smith ER, Shiekhattar R, Zhang MQ, Shilatifard A*. PAF1 regulation of promoter-proximal pause release via enhancer activation. Science, 2017 Sep 22; 357(6357):1294-1298.

            3. Chen FX#, Woodfin AR, Gardini A, Rickels RA, Marshall SA, Smith ER, Shiekhattar R, Shilatifard A*. PAF1, a molecular regulator of promoter-proximal pausing by RNA polymerase II. Cell, 2015 Aug;162(5): 1003-1015. (Highlighted by Nature Reviews Molecular Cell Biology, “PAF1 regulates promoter-proximal pausing”)

            4. Chen F#, Gao X, Shilatifard A*. Stably paused genes revealed through inhibition of transcription initiation by the TFIIH inhibitor triptolide. Genes & Development, 2015 Jan 1;29(1): 39-47.

            5. Chen FX*, Marshall SA, Deng Y, Tianjiao S. Measuring Nascent Transcripts by Nascent-seq. Methods in Molecular Biology, 2018; 1712:19-26.

            6. Chen F#, Yang H#, Dong Z#, Fang J, Wang P, Zhu T, Gong W, Fang R, Shi YG, Li Z*, Xu Y*. Structural insight into substrate recognition by histone demethylase LSD2/KDM1b. Cell Research, 2013 Feb; 23(2):306.

            7. Fang R#Chen F#, Dong Z, Hu D, Barbera AJ, Clark EA, Fang J, Yang Y, Mei P, Rutenberg M, Li Z, Zhang Y, Xu Y, Yang H, Wang P, Simon MD, Zhou Q, Li J, Marynick MP, Li X, Lu H, Kaiser UB, Kingston RE, Xu Y*, Shi YG*. LSD2/KDM1B and its cofactor NPAC/GLYR1 endow a structural and molecular model for regulation of H3K4 demethylation. Molecular Cell, 2013 Feb 7; 49(3):558-70.

            8. Huang YH#, Hu J, Chen F, Lecomte N, Basnet H, David CJ, Witkin MD, Allen PJ, Leach SD, Hollmann TJ, Iacobuzio-Donahue CA, Massague J*. ID1 mediates escape from TGF-β tumor suppression in pancreatic cancer. Cancer Discovery, 2020 Jan; 10(1):142-157.

             
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